A administração de João Henrique em Salvador enfrentou problemas financeiros significativos, culminando na aplicação de multas aos secretários da Fazenda, Flávio Orlando Carvalho Mattos e Reub Celestino, por atrasos nos pagamentos de obrigações fiscais e sociais. O Tribunal de Contas dos Municípios (TCM) responsabilizou os gestores pelo prejuízo de aproximadamente R$ 160 mil causado ao erário municipal entre 2006 e 2007. A defesa dos secretários foi baseada em argumentos de insuficiência de caixa e priorização de despesas essenciais, como salários e fornecedores menores, respaldada pela Lei de Responsabilidade Fiscal. No entanto, o TCM apontou a ausência de provas que justificassem os atrasos e destacou a importância de uma gestão financeira mais responsável. Entre 2005 e 2008, as despesas municipais com juros e multas cresceram 1.062%, evidenciando o agravamento da situação fiscal. A decisão do TCM impôs multas simbólicas com caráter educativo, com o objetivo de orientar a gestão pública.