A vinda da corte portuguesa para o Brasil, em 1808, provocou uma grande transformação na cidade do Rio de Janeiro. A comitiva que deixou Portugal em 1807 possuía cerca de 15 mil pessoas, um contingente que causou um grande impacto demográfico na cidade. Uma das localidades que mais sentiram as mudanças foi a região onde hoje se encontra o bairro de São Cristóvão.

Área predominantemente rural até o início do século XIX, São Cristóvão passou por um rápido processo de crescimento quando a Família Real passou a residir no bairro, na edificação onde hoje funciona o Museu Nacional, na Quinta da Boa Vista. No final do século XVIII, o comerciante Elias Antonio Lopes adquiriu uma residência no terreno onde ficava a antiga Fazenda São Cristóvão, pertencente aos jesuítas. Elias doou a propriedade ao Príncipe Regente em 1809 e d. João VI mudou-se para o palácio em 1816, após a morte de d. Maria I. A edificação passou por diversas reformas ao longo de sua história.

A ilustração mostra as melhorias efetuadas entre 1808 e 1831, mas o palácio passou por processos de ampliação a partir de 1850. O prédio foi tombado pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional – Iphan em 11 de maio de 1938.